Il Museo narra la storia dell'antica foce del Po che, con i numerosi canali navigabili e le vie di terra, è stata nei secoli un importante snodo di commerci e di civiltà che collegava il mondo Mediterraneo e l'Europa continentale.
Di particolare rilievo le sezioni dedicate alla città etrusca di Spina, con gli oggetti provenienti dall'abitato e i ricchi corredi delle tombe, al mondo romano, alla nascita di Comacchio nell'alto medioevo come emporio commerciale e sede vescovile. Nel museo è stato trasferito, con un nuovo suggestivo allestimento, il prezioso carico della nave romana di Comacchio, un'autentica Pompei del mare che è uno spaccato del mondo globalizzato dell'impero romano


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